В силу ст. 11 ГК РФ, защиту нарушенных или оспоренных гражданских прав осуществляет в соответствии с подведомственностью дел, установленной процессуальным законодательством, суд, арбитражный суд или третейский суд (далее - суд). Защита гражданских прав в административном порядке осуществляется лишь в случаях, предусмотренных законом. Решение, принятое в административном порядке, может быть оспорено в суде.
В соответствии со ст. 1406 ГК РФ, споры, связанные с защитой патентных прав, рассматриваются судом. К таким спорам относятся, в частности, споры:
1) об авторстве изобретения, полезной модели, промышленного образца;
2) об установлении патентообладателя;
3) о нарушении исключительного права на изобретение, полезную модель или промышленный образец;
4) о заключении, об исполнении, об изменении и о прекращении договоров о передаче исключительного права (отчуждении патента) и лицензионных договоров на использование изобретения, полезной модели, промышленного образца;
5) о праве преждепользования;
6) о праве послепользования;
7) о размере, сроке и порядке выплаты вознаграждения автору изобретения, полезной модели или промышленного образца в соответствии с настоящим Кодексом;
8) о размере, сроке и порядке выплаты компенсаций, предусмотренных настоящим Кодексом.
В случаях, указанных в статьях 1387, 1390, 1391, 1398, 1401 и 1404 настоящего Кодекса, защита патентных прав осуществляется в административном порядке в соответствии с пунктами 2 и 3 статьи 1248 настоящего Кодекса.
Исходя из ст. 1248 ГК РФ споры, связанные с защитой нарушенных или оспоренных интеллектуальных прав, рассматриваются и разрешаются судом (пункт 1 статьи 11).
В случаях, предусмотренных настоящим Кодексом, защита интеллектуальных прав в отношениях, связанных с подачей и рассмотрением заявок на выдачу патентов на изобретения, полезные модели, промышленные образцы, селекционные достижения, товарные знаки, знаки обслуживания и наименования мест происхождения товаров, с государственной регистрацией этих результатов интеллектуальной деятельности и средств индивидуализации, с выдачей соответствующих правоустанавливающих документов, с оспариванием предоставления этим результатам и средствам правовой охраны или с ее прекращением, осуществляется в административном порядке (пункт 2 статьи 11) соответственно федеральным органом исполнительной власти по интеллектуальной собственности и федеральным органом исполнительной власти по селекционным достижениям, а в случаях, предусмотренных статьями 1401 - 1405 настоящего Кодекса, федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным Правительством Российской Федерации (пункт 2 статьи 1401). Решения этих органов вступают в силу со дня принятия. Они могут быть оспорены в суде в установленном законом порядке.
Правила рассмотрения и разрешения споров в порядке, указанном в пункте 2 настоящей статьи, федеральным органом исполнительной власти по интеллектуальной собственности и образуемой при нем палатой по патентным спорам, а также федеральным органом исполнительной власти по селекционным достижениям устанавливаются соответственно федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим нормативно-правовое регулирование в сфере интеллектуальной собственности, и федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим нормативно-правовое регулирование в сфере сельского хозяйства. Правила рассмотрения и разрешения в указанном в пункте 2 настоящей статьи порядке споров, связанных с секретными изобретениями, устанавливаются уполномоченным органом (пункт 2 статьи 1401).